淋菌はほとんどが性行為によって感染します（淋病）。クラミジアに次いで２番目に多い性病です。最初に感染する場所は、子宮頚管（子宮の入り口）です。おりもの（オリモノ、帯下）が多いとか、臭いが気になるといったことで受診される場合もありますが、自覚症状のないことの方が多いので、検査しないと感染しているかどうか分かりません。検査は綿棒で子宮の入り口をこすって行います。痛みはありません。
治療は、淋菌に効く薬を３０分ほどかけて点滴を行います。ほとんどの場合、１回だけの点滴で治ってしまいます。
治療しないで放置すると子宮の奥の方へと感染が進んでゆき、子宮の中に炎症（子宮内膜炎）を起こしたり、さらにお腹の中に淋菌が入ると、そこで炎症（骨盤腹膜炎）を起こすこともあります。
淋菌は、性器以外にもノド（のど、咽頭）や尿道、膀胱にも感染することがあります。膀胱に感染するとトイレに行く回数が増えたり（頻尿）、排尿のときの痛みといった膀胱炎の症状が出ます。
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